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Benzoilmetronidazol é indicado no tratamento de giardíase (infecção do intestino delgado, causada pelo protozoário flagelado, Giardia lamblia) e amebíase (infecção causada por qualquer uma de várias amebas).
Benzoilmetronidazol é um anti-infeccioso que apresenta atividade antimicrobiana, que abrange exclusivamente microrganismos anaeróbios que crescem na presença de baixas concentrações de oxigênio ou até mesmo na sua ausência, e atividade antiparasitária.